Но Евтихий не покорился этому решению и требовал пересмотра дела, писал ко многим епископам и, между прочим, к папе Льву Великому; обвинял Флавиана в склонности к ереси Нестория. Папа узнал от Флавиана об истинном ходе дела, и в письме изложил учение Церкви о соединении во Христе двух естеств: Божеского и человеческого; это изложение осуждало мнение Евтихия. Но Евтихий имел сильных покровителей: за него была императрица Евдокия и любимец царя Феодосия, евнух Христафий, который пользовался огромной властью и ненавидел Флавиана за то, что Флавиан при посвященнии своем не дал ему денег и на требования его отвечал, что деньги церковные должны быть употреблены лишь для нужд Церкви или для бедных. Кроме того, Евтихий нашел себе усердного союзника в Диоскоре александрийском, который был рад случаю стать против константинопольского патриарха.

Эти недостойные союзники обвинили Флавиана в ереси и убедили царя созвать собор в Ефесе (449). Диоскор был назначен председателем; участь Флавиана решена. Диоскор имел в своем распоряжении толпу вооруженных воинов и привел до 1000 иноков, преданных ему; в народе распространился слух, что Флавиан и преверженцы его разделяют единого Господа Иисуса Христа на двух. Диоскор признал изложение учения Евтихия правым; некоторые епископы изъявили желание, чтобы было прочтено письмо папы; но Диоскор этого не допустил и произнес низложение Флавиана, Феодорита кирского, Домна антиохийского, как еретиков; угрозами заставлял он епископов соглашаться с его решениями; некоторые были принуждаемы подписывать свои имена на белой, не исписанной бумаге. Всякое слово Диоскора принималось приверженцами его с громкими одобрениями и вносилось в акты как определение собора; возражения же не выслушивались и заглушались шумом. Флавиан едва подал голос, чтобы возражать против беззаконного образа действий, как Диоскор призвал воинов; они вошли с оружием, палками и цепями, и вместе с иноками бросились на святого патриарха; все они громко кричали, что надо сжечь или рассечь надвое еретиков, которые дерзают разделять Христа. Патриарху Флавиану нанесли столько тяжких ран, что он скончался через несколько дней. Диоскор произнес и над папою отлучение от Церкви, и среди шума и смятения кончился этот беззаконный собор, справедливо заклейменный в истории названием ефесского разбоя.

Император, обманутый превратным изложением дела, подтвердил определения беззаконного собора; но со всех сторон поднялись возражения и изъявления живейшего негодования; епископы жаловались на принуждение и насилие; уполномоченные от папы, возвратившись с собора в Рим, рассказали там о беззаконных действиях Диоскора. Папа Лев и множество епископов восточных убеждали Феодосия созвать Вселенский собор; но Феодосий не успел этого сделать; он внезапно скончался, и уже сестра его Пульхерия и супруг ее император Маркиан в 451 году созвали четвертый Вселенский собор в Халкидоне.

Заседания собора происходили в церкви святой мученицы Евфимии, при участии 630 епископов, в присутствии императора и императрицы; председателем был патриарх Анатолий, преемник св. Флавиана. Ересь Евтихия была осуждена, Евтихий и Диоскор были низложены и изгнаны; было повторено осуждение ереси Нестория, и по прочтении письма папы Льва был изложен догмат, что "Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек; по Божеству Он вечно рождается от Отца и во всем Ему подобен; по человечеству же Он во времени родился от Пресвятой Девы Богородицы и во всем подобен нам, кроме греха; по воплощении Он имеет одно лицо и два естества, соединенные в Нем неслиянно, неизменно, нераздельно, неразлучно".